Va annoverato anche San Leone II tra coloro che vengono celebrati dalla Chiesa cattolica nella ricorrenza del 3 luglio. Della sua vita precedente al pontificato si hanno poche e frammentarie notizie. Nato nel 611, secondo alcune fonti era originario della Sicilia, di Messina oppure di Porto Aidone, un centro situato nei pressi di Piazza Armerina, mentre altre lo indicano come nativo della Calabria. Il Liber Pontificalis ne indica le eloquenti doti oratorie, oltre alla conoscenza delle lingue greca e latina. La stessa fonte accredita inoltre la sua grande attitudine per la salmodia e il canto, tanto da far pensare che abbia esercitato la funzione di direttore della Schola Cantorum del Laterano. La sua consacrazione in qualità di pontefice ebbe luogo nel corso dell’agosto 682, ma la sua elezione era già avvenuta da diciotto mesi. A rimandare la cerimonia fu in particolare una decisione assunta da Costantino IV Pogonato, imperatore d’Oriente, in base alla quale era stato ripristinata la vecchia usanza relativa alla trasmissione a Bisanzio degli atti riguardanti l’elezione del papa. Una norma che presupponeva l’assenso della stessa sede e quindi l’approvazione imperiale necessaria alla consacrazione. Tutto ciò andò peraltro ad intersecarsi con il fatto che in quei mesi a Costantinopoli veniva celebrato il VI Concilio Ecumenico, circostanza che consigliò i vescovi presenti di completare questo evento per poi tornare a Roma e sottoporre al nuovo papa le decisioni prese in ambito conciliare, oltre a portare l’approvazione imperiale.
Proprio dagli atti del Concilio, Leone II fu costretto ad affrontare i primi problemi del suo pontificato, derivanti dal fatto che condannando il monotelismo andavano a coinvolgere nel novero degli eretici anche Onorio, papa di Roma antica. Il nuovo pontefice decise quindi di mediare tra le esigenze di non turbare la pace religiosa tra Impero e Chiesa e quella di non permettere che Onorio fosse bollato di eresia. La decisione da lui presa fu un piccolo capolavoro di diplomazia, in quanto additò la negligenza e l’imprudenza di Onorio, senza però permettere che fosse dichiarato eretico. Va al proposito ricordato che il monotelismo, noto anche come eresia di Sergio, era sorto nel corso del secolo VII nell’ambito della Chiesa Bizantina. Secondo le tesi in questione in Cristo esiste una sola volontà (monoenergismo), in quanto se egli avesse avuto una distinta volontà umana, avrebbe potuto far leva su di essa per ribellarsi a quella divina. Secondo i cristiani ortodossi invece la mancanza di una volontà umana non solo avrebbe tolto valore alla sua voglia di redenzione, ma ne avrebbe prefigurato una umanità imperfetta.
Altro problema lasciato dagli Atti conclusivi del Concilio era l’indirizzo di omaggio all’imperatore Costantino IV lasciato in chiusura, L’imperatore veniva presentato infatti nella veste di collaboratore diretto di Dio ed esecutore diretto della volontà divina. Si trattava di una affermazione densa di risvolti, in quanto lo poneva in aperta concorrenza con il papa e gli avrebbe permesso di rendersi del tutto indipendente da lui. Una circostanza rafforzata dal fatto che sempre l’imperatore nella sua lettera sembrava rivolgersi a Leone II come un suo sottoposto, arrivando all’aperta rivendicazione dei meriti sul ristabilimento della fede.
Erano stati posti i primi semi del dissidio tra Roma e Bisanzio che arrivarono a maturazione nel decennio successivo. Anche un altro problema molto pressante fu affrontato da Leone II nel corso del suo pontificato, quello relativo al rifiuto opposto dalla Chiesa di Ravenna riguardo l’obbedienza al pontefice romano. Una opposizione che era culminata in un vero e proprio scisma approvato dall’imperatore di Bisanzio, il quale nel 666 aveva dichiarato l’indipendenza di Ravenna da Roma. Fu quindi necessario addivenire ad un accordo con Teodoro, arcivescovo di Ravenna, il quale riconosceva la supremazia romana e la necessità di ricevere l’approvazione dal parte del vescovo di Roma per tutti i futuri arcivescovi ravennati. Lo stesso Teodoro fu in cambio gratificato dell’esenzione dalle tasse relative alla carica ricoperta, insieme ai suoi successori.
Tra le gesta di Leone II va ricordato anche il restauro della chiesa di Santa Bibiana, ove furono traslate le spoglie dei martiri Simplicio, Beatrice e Faustino. Inoltre pose grande enfasi sulle celebrazioni religiose, in modo da aumentare la consapevolezza dei fedeli circa la maestà divina. Proprio in questo quadro si va ad iscrivere la decisione di istituire l’aspersione dell’acqua benedetta nei riti cristiani.La sua morte avvenne il 3 luglio del 683 con conseguente sepoltura a San Pietro. Le sue reliquie furono poi poste vicine a quelle di Leone I Magno, insieme a quelle di Leone III e IV, intorno al 1100. Una volta eretta la nuova basilica di S. Pietro, tutte queste reliquie vi furono traslate il 27 maggio del 1607.