Dopo la deposizione di Mubarak, che ha lasciato alla Giunta Militare l’incarico di gestire gli affari dello stato, la Fratellanza si era ritrovata come unica forza politica organizzata in tutto il paese, (ove ci sono altri partiti politici, privi però di un vero peso popolare paragonabile a quello della Fratellanza radicata in varie città), mentre la maggioranza popolare era politicamente disorientata.
All’inizio la Fratellanza per calmare l’opinione pubblica aveva annunciato che non si sarebbe presentata alle elezioni presidenziali, ma solo alle legislative, e solo nel trenta per cento dei seggi; poi si presentò nel cinquanta percento e alla fine nel cento per cento. E’ solo una delle dimostrazioni del fatto che non hanno mantenuto nessuna promessa. La Fratellanza, inoltre, ha cercato sempre di evitare qualsiasi scontro diretto con la giunta militare, chiamando elezioni legislative e presidenziali anticipate il più presto possibile. Mentre i giovani rivoluzionari e le forze politiche avevano invitato alla formazione dell’assemblea costituzionale, prima delle elezioni, ma i Fratelli Musulmani e gli altri gruppi di tendenza Salafita avevano rifiutato, consapevoli del loro peso organizzativo rispetto alle altre forze politiche, e decisi a introdurre le leggi legati alla Sharia islamica, secondo la loro lettura. E questo era chiaro dal referendum costituzionale del 19 marzo 2011. I Fratelli Musulmani e i Salafiti hanno messo in campo la loro potente organizzazione nel territorio, mobilitando le moschee e canali satellitari sotto la loro influenza, il che ha consentito di portare migliaia di persone ai seggi. Hanno vinto il referendum e poi le elezioni parlamentari nella stessa maniera.
Gli islamisti hanno avuto una vittoria enorme, i Fratelli Musulmani hanno ottenuto il 47,18% dei seggi della Camera Bassa e il 59% dei seggi della Camera Alta. Il blocco salafita, poi, ha ottenuto il 24,29% dei seggi della Camera Bassa e il 25,5% della Camera Alta.
Durante il periodo di transizione sono scoppiati degli scontri sanguinosi tra alcuni movimenti rivoluzionari e l’esercito; i ribelli accusavano il Consiglio di voler allungare il periodo di transizione, muovendosi al di fuori del consenso della rivoluzione, perciò sono scesi in piazza per mettere fine allo stato militare, mentre i fratelli musulmani e le correnti islamiste rifiutavano la partecipazione a queste proteste, annunciando che la decisione scaturiva dalla preoccupazione di non trascinare il popolo verso nuovi scontri sanguinosi.
In questo periodo la fratellanza ha perso una gran parte del suo consenso popolare: i deputati dei partiti islamisti hanno dimostrato la loro incompetenza politica. Anche l’assemblea costituzionale non era ben formata, dominata dagli islamisti e da altre forze politiche, tra cui l’istituzione islamica dell’Azhar, mentre le tre chiese si sono ritirati per l’impossibilità di arrivare ad un accordo comune.
Questa perdita era visibile nel primo giro delle elezioni presidenziali, quando Morsi ha ottenuto quasi il 25% dei voti. Prima del ballottaggio la Camera Bassa è stata sciolta dalla Corte Costituzionale, e il motivo dello scioglimento derivava dalla legge elettorale vigente, che sarebbe stata contraria alla Costituzione. Nel ballottaggio i rivoluzionari si sono trovati tra due blocchi, tra l’ex primo ministro Ahmed Shafiq, che faceva parte del regime Mubarak, e Mohamed Morsi, il candidato dei Fratelli Musulmani (appoggiato da tutte le correnti islamiste). Morsi da parte sua ha fatto tante promesse tra cui la riformazione costituzionale.
Alcuni giovani rivoluzionari hanno deciso di boicottare le elezioni, mentre la maggior parte dei movimenti e partiti rivoluzionari (socialisti, liberali e laico) hanno deciso di votare per Morsi, per la sua credibilità rivoluzionaria rispetto all’altro candidato, rappresentante del vecchio regime. E così Morsi è riuscito a raggiungere con difficoltà il 51,2% per essere il primo presidente egiziano democraticamente eletto.
Novembre 2012, Morsi ha adottato una dichiarazione costituzionale con tratti fortemente autoritari fino all’approvazione della nuova Costituzione, in cui riservava per se stesso la legittimità rivoluzionaria e si è autorizzato a prendere qualsiasi misura egli ritenesse necessaria per salvaguardare la rivoluzione, decretando che nessuna istituzione (compresa la corte costituzionale) può cancellare i decreti che lui stesso ha promulgato dall’inizio della sua presidenza ed ha stabilito che nessuna autorità potrebbe sciogliere la Camera alta o l’Assemblea Costituente.
I rivoluzionari si sentivano traditi e sono scesi nelle piazze per chiedere il ritiro di questa dichiarazione, mentre tutte le forze islamiste erano a fianco del presidente.
Durante una contro-manifestazione di fronte al palazzo presidenziale, dove sono accaduti scontri sanguinosi, dove sono morti alcuni giovani ribelli tra quelli che avevano sostenuto Morsi durante le elezioni presidenziali per non tornare al vecchio regime. E alla fine la nuova Costituzione egiziana è stata approvata dal 63,8% dei votanti al referendum, anche se la percentuale di partecipazione al voto è stata bassa, circa il 33% degli aventi diritto. Inoltre, sono state escluse tutte le altre forze politiche dal governo, dove sono stati nominati membri della fratellanza o di altri partiti islamici, come il gruppo islamico (responsabile dell’assassinio del ex-presidente al Sadat e degli azioni terroristici contro cristiani e turisti negli anni novanta). Infine, Adel al Qayat, membro del gruppo islamico responsabile del massacro di 62 turisti a Luxor nel 1997, è stato nominato governatore.
Il malcontento popolare dopo un anno della presidenza di Morsi, in cui il presidente è entrato in conflitto contro il potere giudiziario, ma anche con l’esercito e la polizia, cercando di imporre il suo controllo su queste istituzioni in maniere lecite ed illecite, è cresciuto a dismisura; dall’altro lato il governo non è riuscita a gestire le necessità della popolazione (es: la mancanza dell’energia elettrica e la benzina), ma in questo periodo tutte le altre forze politiche d’opposizione sono riuscite ad organizzarsi creando un vero peso popolare.
È nato il movimento Tamàrrud (ribelle), come scintilla della seconda rivoluzione che ha annunciato di avere raccolto ventidue milioni di firme per chiedere la destituzione del presidente e per ottenere elezioni presidenziali anticipate, ma il presidente ha rifiutato. Il 30 luglio milioni e milioni sono scesi in piazza per chiedere la destituzione di Morsi, il 3 luglio l’esercito ha appoggiato la rivoluzione ed ha messo una nuova road Map per le elezioni.