Valter Bonacina nasce a Bergamo il 30 luglio 1964. Dopo le giovanili nel Cenate Sotto e nella Virescit Boccaleone, dal 1981 al 1986 gioca in prima squadra nella Virescit Boccaleone, e dal 1986 al 1991 è all'Atalanta. Dal 1991 al 1994 gioca nella Roma per poi tornare all'Atalanta fino al 1999. Dal 1999 al 2001 è al Monza. Chiude la carriera di calciatore nel Rodengo Saiano nella stagione successiva. E' poi viceallenatore all'Atalanta dal 2003 al 2007. Dal 2007 al 2009 è allenatore degli allievi regionali sempre all'Atalanta, e dal 2009 al 2011 allena la Primavera dell'Atalanta. Nella stagione 2011-2012 allena il Foggia, poi torna alla Primavera nerazzurra.
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