Marco Tarquinio ha studiato nella sua Assisi e a Perugia. È stato capo scout nell'Agesci. Sposato dal 1986, ha due figlie. Esperto di politica interna e internazionale, ha iniziato l'attività giornalistica a La Voce, settimanale della sua regione, dove lavorò tra il 1981 e il 1984. Tra il 1982 e il 1983 ha partecipato alla commissione ristretta che su incarico della Conferenza episcopale umbra e, in particolare dell'allora vescovo di Gubbio, monsignor Ennio Antonelli, "ripensò" quella storica testata, e tra il 1983 e il 1984 ha fatto parte del nucleo redazionale chiamato a realizzarla e rilanciarla. Nel 1983 cominciò a collaborare anche al Corriere dell'Umbria, giornale nel quale è divenuto professionista, per poi passare nel 1988 alla redazione centrale romana della catena di quotidiani locali La Gazzetta e, dal 1990, a Il Tempo di Roma. Qui lavorò dapprima alla redazione esteri e in seguito nella redazione politica, della quale assunse presto la guida. Nel novembre del 1993 si autosospese da editorialista in dissenso rispetto alla nuova linea politica del quotidiano romano. A febbraio del 1994 passò ad Avvenire, prima al desk centrale milanese e poi come capo della redazione romana; nel luglio del 2007 tornò alla redazione centrale del giornale, a Milano, per assumere l'incarico di vicedirettore. Il 3 settembre 2009 gli venne affidato, in seguito alle improvvise dimissioni di Dino Boffo, l'interim della direzione del quotidiano; la nomina a direttore responsabile è diventata definitiva il 24 novembre successivo.
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