Dani Pedrosa è arrivato davanti a tutti, davanti a al compagno di squadra Casey Stoner e davanti alla Yamaha di Jorge Lorenzo. La gara di Motegi finisce così, con lo spagnolo davanti a tutti, con Simoncelli che all’ultimo giro arriva quarto beffando Dovizioso, nonostante una penalità per partenza anticipata. Valentino Rossi continua a deludere su Ducati, e alla terza curva cade togliendo ogni possibilità di vittoria. La gara giapponese ha riservato comunque molte sorprese, con Stoner che allo spegnimento del semaforo parte da solo davanti a tutti: Lorenzo e Dovizioso inseguono, mentre Rossi, come detto, scivola malamente nella via di fuga dopo poco. Neanche è iniziata la gara, che già arrivano le penalità: ride through per Dovizioso, Simoncelli e Crutchlow, che va anche nella sabbia per evitare il contatto con Elias in piena staccata. Pedrosa continua a dominare la gara, e Stoner non ci sta, e sgomita e si libera di Hayden, che finisce dritto, rientrando poi decimo. Anche Bautista cede, e finisce spianato fuori dal tunnel. A cinque giri dal termine della gara, Pedrosa continua a dominare la gara e Lorenzo sembra ormai essersi accontentato. Stoner resta terzo, ma il distacco dallo spagnolo è ormai di dodici secondi, La sfida per il quarto posto è invece ancora molto viva, ma Dovizioso riesce a mantenere la posizione davanti a un Simoncelli che fino all’ultimo non ha mollato. Nicky Hayden si piazza sesto, con Edwards e Spies che litigano per il settimo posto. Tutta la parte finale della gara è per Simoncelli e Dovizioso, che nell’ultima curva esce largo sulla sabbia perdendo momenti preziosissimi. Finisce quindi così, con Pedrosa davanti a tutti, Lorenzo secondo, che comunque lima qualche secondo all’australiano rovinando il tris alla Honda. Chiudono la gara Spies, Hayden, Edwards, Aoyama e De Puniet. E pensare che solo ieri Stoner aveva firmato la decima pole position stagionale nelle prove del GP del Giappone, fermando il cronometro sul tempo di 1’45.267, alla media di 295,6 km/h, mostrando di avere anche un ottimo ritmo in vista della gara, con quattro giri percorsi sotto il minuto e 46 secondi. Lorenzo aveva invece chiuso al secondo posto, con Dovizioso terzo, staccato di circa mezzo secondo, che è partito in prima fila davanti a Pedrosa, inizialmente il più lento dei piloti HRC, con un ritardo di sette decimi dal capoclassifica.
01- Dani Pedrosa – Repsol Honda Team – Honda RC212V – 24 giri in 42’47.481
02- Jorge Lorenzo – Yamaha Factory Racing – Yamaha YZR M1 – + 7.299
03- Casey Stoner – Repsol Honda Team – Honda RC212V – + 18.380
04- Marco Simoncelli – San Carlo Honda Gresini – Honda RC212V – + 23.550
05- Andrea Dovizioso – Repsol Honda Team – Honda RC212V – + 23.691
06- Ben Spies – Yamaha Factory Racing – Yamaha YZR M1 – + 37.604
07- Nicky Hayden – Ducati Team – Ducati Desmosedici GP11.1 – + 39.167
08- Colin Edwards – Monster Yamaha Tech 3 – Yamaha YZR M1 – + 45.023
09- Hiroshi Aoyama – San Carlo Honda Gresini – Honda RC212V – + 49.074
10- Randy De Puniet – Pramac Racing Team – Ducati Desmosedici GP11 – + 59.022
11- Cal Crutchlow – Monster Yamaha Tech 3 – Yamaha YZR M1 – + 1’13.964
12- Kousuke Akiyoshi – LCR Honda MotoGP – Honda RC212V – + 1’21.709
13- Shinichi Itoh – Honda Racing Team – Honda RC212V – + 1’26.381