Sull’isola, Daniel riesce a risvegliare Charlotte e Locke suggerisce di tornare all’Orchidea, poiché è da lì che “tutto è iniziato”. Sulla via della spiaggia, dove prendere il gommone per circumnavigare l’isola e raggiungere più velocemente la stazione, John è testimone della luce proveniente dalla botola la notte della morte di Boone, mentre Sawyer assiste alla nascita di Aaron, con Kate ad assistere Claire: l’isola si è quindi spostata al novembre 2004, durante il loro primo mese di permanenza sull’isola. Dopo un altro “salto”, il gruppo raggiunge la spiaggia: il campo è tornato ad esistere, ma è abbandonato e ormai in disuso; l’isola si è spostata in un futuro imprecisato. Anche il gommone è sparito, ma in compenso sono apparse due canoe, delle quali una viene usata dal gruppo per dirigersi verso l’Orchidea (all’interno delle due canoe viene ritovata una bottiglia d’acqua con l’etichetta di una compagnia aerea, la Ajira). In mare aperto, i naufraghi subiscono un attacco da parte degli ignoti possessori delle imbarcazioni, a bordo della canoa rimasta sulla spiaggia, ma vengono salvati da un altro salto temporale, che li porta nel mezzo di una tempesta. Giunti a riva, il gruppo trova i rottami di un’imbarcazione, con scritte in francese. Juliet, così come Miles, comincia a perdere sangue dal naso.?
La mattina dopo, in un altro punto dell’isola, sbarca una zattera. Si tratta della spedizione scientifica di Danielle (siamo quindi nel 1988), che nel viaggio verso l’isola ha raccolto un naufrago in balia delle onde: si tratta di Jin, sopravvissuto all’esplosione del Kahana.
Nel presente, a Los Angeles, Kate affronta Norton, l’avvocato che vorrebbe un campione di sangue da lei e Aaron: l’avvocato rifiuta la richiesta della donna di poter incontrare il suo cliente e la informa che perderà il bambino.?In ospedale, Jack sta ancora assistendo Sayid. Quando il chirurgo viene convocato da una rappresentante dell’ospedale che lo rimprovera per un uso improprio delle strutture ospedaliere (Jack era stato sospeso per abuso di medicinali), l’iracheno viene nuovamente attaccato, ma l’assalitore ha la peggio. Al suo ritorno, Jack è accompagnato da Ben. Trovato un biglietto con l’indirizzo di Kate in una tasca dell’assalitore, Jack le telefona e si precipita da lei. Nel frattempo, Ben e Sayid si dirigono verso il porto di Los Angeles, ma prima Ben incontra il suo avvocato: Norton, che gli assicura che Hurley sarà fuori di prigione al più presto.?Jack incontra Kate, insieme seguono Norton e lo vedono parlare con Carole Littleton, la madre di Claire, e credono che sia lei il cliente dell’avvocato; in realtà, come scopre Jack, la donna è a Los Angeles per tutt’altro motivo. I due si dirigono verso il porto e Kate, una volta visto Ben, capisce come sono andate in realtà le cose: è Ben che ha cercato di influenzarla con la storia del prelievo di sangue.?In lontananza, da una macchina, Sun (a cui Kate ha affidato Aaron) osserva il gruppo, quindi impugna una pistola ed esce dalla vettura.
Sull’isola, Jin è disorientato dal suo incontro con Danielle. Dice così di voler tornare al campo, sperando di trovarvi Sun ma il gruppo riesce a convincerlo a portarli prima alla torre radio da cui viene trasmesso il messaggio che hanno seguito, portandoli all’isola. Sulla strada verso la torre, uno dei componenti della spedizione, Nadine, scompare per poi ricomparire poco dopo, morta. Poco dopo fa la sua apparizione il mostro di fumo, che cattura un altro del gruppo, Montand, trascinandolo in una grotta sotto le rovine di quello che sembra essere un antico tempio, lasciando dietro di sé solo un braccio. Il resto del gruppo, sentendosi chiamare dall’uomo, decide di andare ad aiutarlo, ma Jin impedisce a Danielle di scendere con loro. Subito dopo, l’isola compie un altro salto nel tempo.?
Jin si ritrova da solo, e nota subito che il braccio di Montand è stato corroso dal tempo. Raggiunta la spiaggia trova i corpi di altri due membri della spedizione e poco più in là gli ultimi due rimasti: Danielle e il suo fidanzato, Robert, che viene ucciso da quest’ultima. Jin viene riconosciuto da Danielle, che gli spara. Fuggendo nella giungla, subisce un altro salto temporale. È così che si riunisce con Sawyer, Juliet, Locke, Daniel, Charlotte e Miles.?Le condizioni di Charlotte peggiorano: l’isola comincia a sperimentare salti molto ravvicinati e lei ne soffre particolarmente. Dopo essersi accasciata a terra comincia a parlare stranamente, quasi fosse ancora una bambina. Quindi, in coreano, dice a Jin di non lasciare tornare Sun sull’isola. Locke insiste per andare all’Orchidea, cosicché con lei resta solo Daniel. A lui la ragazza confida di essere cresciuta sull’isola e di aver sempre cercato di tornarvi. Ricorda anche di un uomo che le diceva di andarsene e di non tornare più: Daniel. Poco dopo, la ragazza muore.?
Giunti all’Orchidea, il gruppo di Locke subisce un altro salto nel tempo: al posto della stazione ora c’è solo un pozzo (già nominato da Charlotte nel suo stato di trance). John decide di calarsi, dopo aver promesso a Jin di non far tornare indietro Sun, ricevendo la sua fede come prova della sua morte. Nel corso della discesa, l’isola “salta” nuovamente: John cade in una grotta sottostante, mentre in superficie il pozzo scompare. All’interno della grotta, John incontra Christian, che gli dice che doveva essere lui a spostare l’isola e non Ben, ma che è ancora in tempo per rimediare. Dovrà sbloccare la ruota che già Ben aveva ruotato per lasciare l’isola, quindi portare tutti coloro che se ne sono andati a Los Angeles, da una donna di nome Eloise Hawking. A fatica, Locke riesce a fare ciò che gli viene chiesto e lascia l’isola.
Nel presente, Sun minaccia di uccidere Ben per vendicarsi della presunta morte di Jin. L’ex capo degli Altri le dice però che Jin è ancora vivo e che può dimostrarlo. È sufficiente che lo accompagni da una persona a poca distanza da loro, che sarà anche la persona che li aiuterà a tornare sull’isola. A queste parole, Kate se ne va, seguita poco dopo da Sayid. Sun accetta di andare con Ben e Jack. Il gruppo si ferma presso una chiesa e Ben consegna a Sun la prova che Jin è ancora vivo: la fede che Locke gli ha dato dopo essere tornato dall’isola. Al gruppo si unisce anche Desmond, arrivato a cercare la madre di Daniel. Si tratta in realtà della stessa persona cercata da Ben e ancora prima da Locke: Eloise Hawking, che li aspetta all’interno della chiesa, ansiosa di “cominciare”.
La puntata inizia esattamente come il primissimo episodio: Jack si risveglia di soprassalto tra le canne di bambù con in mano un foglietto strappato sul quale appaiono scritte le parole “I wish…” (“Vorrei…”). All’improvviso sente gridare aiuto e si mette a correre verso la voce che, ora, chiama il suo nome. Arrivato in prossimità di una cascata, vede Hurley che cerca di tenersi a galla, aggrappato alla custodia di una chitarra. Si tuffa e lo aiuta a risalire in superficie; voltandosi vede il corpo di Kate poco distante. Corre a prestarle soccorso e lei, risvegliandosi, gli chiede se è proprio vero che sono tornati.
La scena si sposta a 46 ore prima: Jack, Sun, Ben e Desmond sono nella chiesa in cui li ha accolti Eloise Hawking. Proprio lei li porta in una grande stanza attigua alla quale si accede tramite una tipica botola DHARMA, al centro della quale si muove un enorme pendolo su una carta geografica: è il Lampione, la prima stazione DHARMA mai costruita. Eloise porge a Jack un quaderno ed inizia a spiegare loro che la stazione stessa si trova sopra una sacca di energia elettromagnetica particolare, e che esistono molti posti del genere, ma che agli scienziati che lavoravano al Progetto DHARMA interessava trovarne solo uno: l’isola. Questa, però, è difficile da localizzare poichè si muove continuamente nel tempo e nello spazio, ma, attraverso calcoli molto complessi, uno scienziato era riuscito a mettere a punto un sistema grazie al quale poteva calcolare la sua posizione nel tempo. Per raggiungere l’isola sarebbe stato necessario passare attraverso delle “finestre” spazio-temporali. Se Jack e gli altri volessero tornare, dovrebbero utilizzare una di queste, salendo sul volo della Ajira Airways 316 Los Angeles-Guam. Desmond chiede agli altri, incredulo, se vogliono davvero tornare sull’isola e comunica ad Eloise il messaggio ricevuto da Daniel che la pregava di aiutarlo. Eloise lo rassicura di stare facendo tutto il possibile, Desmond se ne va, dicendo che ogni suo rapporto con loro e con l’isola è definitivamente chiuso. Eloise prende da parte Jack, gli consegna la lettera che gli ha scritto Locke prima di morire, e gli rivela che per tornare sull’isola si dovrà ricreare, proprio per Jack, la situazione originaria del primo incidente aereo: dovrà quindi occuparsi lui del corpo di Locke, come aveva fatto per quello di suo padre, dandogli anche un oggetto appartenuto a quest’ultimo, in quanto proprio Locke sarà il “tramite” e il “sostituto” per il ritorno.
Il gruppo si separa e ognuno si prepara alla prossima partenza. Tornato a casa Jack trova Kate in camera da letto, che gli dice che lo seguirà ancora una volta ma che non porterà Aaron con sè. Il mattino successivo Jack ve a recuperare il corpo di Locke, e gli infila le scarpe di suo padre. Da lì andrà all’aeroporto e si imbarcherà sul volo 316. Sull’aereo si ritrovano tutti: Ben, Kate, Sun, Hurley e Sayid (che è ammanettato e in compagnia di una poliziotta, Ilana). Sull’aereo scopriranno che il pilota è Lapidus, che pare non sapere nulla ma che capisce subito che non arriveranno mai a Guam. Jack parla con Ben riguardo alla lettera di Locke, che ancora non ha letto, e gli rivela di essere spaventato da quello che potrà leggervi sopra. Ben lo rassicura e lo lascia solo. Jack apre finalmente la lettera, e legge: “Jack, I wish you had believed in me. JL” (“Jack, vorrei che mi avessi creduto”). All’improvviso l’aereo comincia ad avere alcuni problemi, compare un lampo accecante e ci si ritrova alla scena iniziale. L’episodio si conclude con Jack, Kate e Hurley sull’isola che vedono sopraggiungere il pulmino azzurro della Dharma Initiative, dal quale scende, puntando loro addosso un fucile, Jin.