Nella sua prima serata, il piccolo schermo di Rai 2 trasmetterà un nuovo episodio della serie , in prima visione TV. La puntata che andrà in onda è la terza, dal titolo “Incognito”. Prima di scoprire le anticipazioni, ecco dove siamo arrivati la settimana scorsa: McGee (Sean Murray) e Bishop (Emily Wickersham) analizzano gli ultimi comportamenti di Gibbs (Mark Harmon) che ha cambiato taglio di capelli e look dopo gli ultimi eventi. DiNozzo (Michael Weatherly) non è d’accordo con i loro pettegolezzi ma alla fine è lui ad essere sorpreso da Gibbs. Il capo si presenta alla sede con l’agente speciale Luis “Mitch” Mitchell (John Gabriel) della DEA che vuole l’aiuto dell’NCIS per un ex ufficiale evaso. Cole Glisom è scomparso misteriosamente prima che potesse consegnargli le informazioni sul narcotrafficante Benson Long (Robert Knepper). Il criminale usa sfruttare le ex reclute di Quantico per i suoi scopi e Mitch crede che possa aver assoldato Cole. L’NCIS incontra Long ed il cugino Roy (Arjay Smith) punta la pistola contro gli agenti, che gli viene subito tolta. Long afferma di non saperne niente e prima di poterlo arrestare vanno cercate le prove. Intanto, McGee nutre dei forti dubbi su Mitch perché per lui è troppo amichevole mentre DiNozzo cerca di capire che tipo di rapporto abbia con Gibbs. Tramite l’arma, Abby (Pauley Perrette) riesce a creare un collegamento con un’altra pistola che è registrata a Fisher Hyland (Billy Lush) che è riconducibile a Long. La squadra viene informata da Hyland sull’indirizzo di una scuola in cui potrebbe trovarsi in quel momento. Mentre McGee e Bishop trovano il corpo di Gleasom, DiNozzo affronta Gibbs e gli riferisce di aver scoperto il rapporto che ha con Mitch. E’ il poliziotto che è intervenuto all’epoca della morte della figlia di Gibbs ed ha perso a sua volta il padre per mano dello stesso assassino. Gibbs interrompe seccamente ogni cosa ma Ducky (David McCallum) riprende il discorso. Il coroner comprende quello che sta passando dopo la sparatoria ma gli suggerisce di non tenere lontana la squadra. Poco dopo, Bishop e McGee discutono del caso e DiNozzo è assente. Appena Gibbs entra in ufficio, DiNozzo gli riferisce che un ex agente della DEA vuole riunire la vecchia squadra, ma Gibbs non intende dividere il caso. La squadra si sposta poi verso Hyland e lo convincono ad avvicinarsi di nuovo a Long e Roy. McGee invece si unisce a Mitch ed Abby li informa che ha rilevato dal corpo della vittima una particolare fibra riconducibile al negozio di tappeti di Roy. La squadra lo raggiunge ma l’uomo estrae un’arma e McGee gli spara. Quando Roy muore, Mitch dà in escandescenza ed accusa McGee di aver rovinato il caso. I tappeti del negozio vengono portati al laboratorio ed in uno trovano cucito all’interno una striscia di eroina. Tuttavia tutte le tracce riconducono solo a Roy e Long rimane pulito. McGee torna in sede e riferisce tutto a DiNozzo che a quel punto mette al corrente il resto della squadra. Bishop rilegge il fascicolo su Mitch e scoprono che il killer che ha ucciso la famiglia di Gibbs e quella di Mitch era uno scagnozzo di Long. A quel punto DiNozzo affronta di nuovo Gibbs ma il capo difende l’amico. L’agente lo informa invece che hanno appena tracciato il cellulare di Mitch e si trova a casa di Long. Gibbs esce di corsa ed impone alla squadra di non seguirlo, ma DiNozzo e McGee decidono di muoversi in suo aiuto. In quel momento, Gibbs si trova già con Mitch e cerca di farlo desistere dall’uccidere Long. Quando il narcotrafficante li raggiunge, Mitch gli punta contro l’arma ma Gibbs riesce a fermarlo. Poco dopo entrano McGee e DiNozzo e arrestano Long per la confessione che inavvertitamente ha dato di fronte alle telecamere nascoste. A caso chiuso, Gibbs decide di partire per la California per un giorno. Raggiunge quindi Mitch per gettare le ceneri del padre nell’Oceano e torna poi a vedere la casa in cui abitava con la figlia.
Bishop si prepara ad un giorno di vacanza con Jake alle Isole Vergini, perché dopo aver saputo che Tony e Zoe sono in crisi, crede che qualche ora con il fidanzato possa evitare la crisi. McGee nota che l’amico non ha detto nulla a lui e quando lo vede lo tratta con freddezza. Gibbs interrompe ogni conversazione ed informa DiNozzo che stanno per raggiungere Quantico per parlare con il Maggiore Sussex Newton, un parlamentare con cui l’NCIS ha lavorato tempo prima. Quando arrivano nel suo albergo vengono invece informati che è appena stato ritrovato il suo corpo in un bosco. La morte sembra avvenuta a causa di un incidente, ma nella sua stanza DiNozzo trova una busta con dentro un coltello conservato come si farebbe con una prova. Gibbs viene informato che Newton stava ancora indagando sul caso Lejeune e che era alla ricerca di un complice. Nel frattempo, Abby analizza il braccialetto da corsa indossato dalla vittima e scopre che il punto in cui è stato trovato il corpo non corrisponde alla registrazione. La ferita che riporta sulla testa è avvenuta inoltre postmortem e ciò indica che qualcuno lo ha ucciso, simulando poi un incidente. Gibbs fa delle ulteriori ricerche sulla coppia che il Maggiore stava tenendo d’occhio e decide di inviare McGee e Bishop in una missione sotto copertura. I due agenti si fingono una coppia per poter monitorare i sospettati direttamente sul campo.