Questa sera, Sky Atlantic trasmetterà per la sua prima serata due episodi della serie Manhattan 3. Gli episodi trasmessi saranno il dodicesimo e il tredicesimo e chiuderanno questa nuova stagione della serie. Prima di scoprire le anticipazioni del finale di stagione, ecco dove siamo arrivati: Abby (Rachel Brosnahan) continua a frequentare Elodie (Carole Weyers) e le rivela che il marito ha cercato di violentarla, mentendo sul fatto di non averlo detto a Charlie (Ashley Zukerman). Intanto, Liza (Olivia Williams) viene chiamata per lavare degli uomini contaminati e si accorge che le acque vengono rilasciate sul terreno all’esterno. Annie Liao (Lucia Micarelli) si presenta alla base per capire i dettagli sulla morte del marito Sid (Eddie Shin) e le viene rivelato che era una spia. Quella notte, Abby vorrebbe interrompere la relazione con Elodie ma l’amica la spinge a godersi la vita prima che i loro mariti causino la fine del mondo. Babbit (Daniel Stern) trova le relazioni di Frank (John Benjamin Hickey) e capisce che sta collaborando con Charlie (Ashley Zukerman). Temendo che lo uccidano, avvisa Frank di interrompere ogni contatto e che presto il suo collaboratore lo tradirà. Frank, incuriosito, legge di nuovo le relazioni di Charlie e capisce che la dispersione potrebbe interrompere l’onda d’urto della bomba. Iniziano quindi l’esperimento con Lazar (Peter Stormare) e decidono di usare il baratol per frenare la velocità dell’esplosione. Nel frattempo, Meeks (Christopher Denham) scopre da Cole (Jefferson White) che Annie Liao è alla base e decide di incontrarla per dirle la verità. Più tardi, Liza porta a casa il rilevatore per analizzare la propria casa e scopre che ci sono alti livelli di contaminazione. Frank torna a casa quella notte e la trova intenta a bruciare tutti gli indumenti della famiglia. Liza è preoccupata che Callie (Alexia Fast) possa essere contaminata e riferisce a Frank di volerla lavare a fondo per evitare che si ammali. Tuttavia quando mostra i risultati a Frank, il dispositivo non emette più alcun suono ed il marito decide di farle riprendere gli psicofarmaci. A Berlino, un uomo collegato a Frank viene ucciso dopo aver ammesso di essere una spia. La sua testa viene inviata a Washington D.C. e Cox (Mark Moses) viene interrogato dalle autorità. Arrivano quindi fino a Frank, insinuando che possa aver parlato di Magpie con la moglie o l’amante.
Nel frattempo, mentre Abby riprende il rapporto con Elodie, Akley (David Harbour) crede che Charlie abbia una relazione con Helen (Katja Herbers) e gli impone di interromperla. Così è costretto ad inscenare una finta rottura con la collega scienziata in modo che tutti in ufficio sappiano che hanno interrotto la loro relazione. Alla sera, Paul (Harry Lloyd) porge l’anello di fidanzamento ad Helen chiedendole di sposarlo, ma la donna rifiuta. Charlie invece si trova a fare una partita a carte con il marito di Elodie che lo spinge a puntare sempre di più. Non appena soli, Charlie lo colpisce al volto ma Tom Lancefield (Josh Cooke) gli rivela di sapere del progetto segreto a cui sta lavorando con Frank, anticipandogli che lo dirà ad Akley. Il giorno dopo ne parla con Frank e scopre di Magpie. Capisce quindi che deve eliminare Tom prima che arrivino a lui e chiede ad Helen di aiutarlo. La scienziata invece lo spinge verso la moglie e Charlie decide di chiedere ad Abby di introdurre dei documenti in casa di Elodie e Tom. La moglie si rifiuta di fare ciò che le chiede e si precipita invece a casa di Elodie, riprendendo ad organizzare la loro vita altrove. Nello stesso momento, Paul fa delle proposte per il progetto a Frank ma viene bloccato. Il giovane assistente capisce che gli sta nascondendo qualcosa ed il giorno dopo si introduce nel suo ufficio di nascosto. Scopre che sta lavorando all’implosione di nascosto e decide di informare Akley. Al mattino presto invece Abby ritorna a casa e Tom e la moglie vengono portati via dai militari dopo che hanno trovato i documenti nel loro appartamento. La ragazza si barrica poi nel bagno, sconvolta per quello che ha fatto pur avere una famiglia con Charlie.
Nel dodicesimo episodio, dal titolo ‘The Gun Model’, Akley inizierà ad essere vulnerabile quando cercherà di correggere le falle della sua bomba Thin Man. Il finale di stagione si intitola invece ‘Perestroika’, dove troviamo Frank in una posizione del tutto diversa. Allo scienziato viene data infatti una possibilità che potrebbe cambiargli la vita. Intanto, Charlie si ritrova ai ferri corti con l’esercito degli Stati Uniti che è sempre più deciso a scoprire quali scienziati del gruppo di Frank stiano cospirando contro il governo.