Il Giappone, nel corso della sua lunga fase di evangelizzazione, è stato teatro di terribili persecuzioni ai danni di missionari cristiani e religiosi stranieri. Due sono stati i periodi caratterizzati da particolare foga: il 10 Dicembre 1597, il dittatore militare Hideyoshi fece uccidere 27 uomini tra francescani e gesuiti giapponesi che, come atto dimostrativo, furono crocifissi nella santa collina, nella provincia di Nagasaki. Il martirio non passò inosservato, tanto che Papa Pio IX, nel corso del suo mandato, li fece Santi. Seguì un lungo periodo di pace, che vide l’arrivo nella terra del sol levante di una moltitudine di missionari e preti ma, a partire dal 1615, si aprì un lungo periodo di atrocità che colpirono uno svariato numero di persone, uccise sotto il ferro del comandante Leyasu. Sembra che furono migliaia le persone legate ad un palo e incendiate vive, ad illuminare, ancora una volta, la sacra collina, già luogo di martirio. Tra questi è certamente degno di nota il beato Kimura, nato in una famiglia neocristiana da poco convertita al cattolicesimo che, al momento della sua nascita, sceglie per il piccolo un nome cristiano: Sebastiano. A 11 anni entra a far parte del servizio della chiesa dei Gesuiti, nella cittadina di Firando, per poi andare a Bungo, dove viene accolto dai missionari Gesuiti. A 20 anni si unì invece all’ordine di Sant’ Ignazio. Dopo qualche anno trascorso prima a Meaco, dove insegnava la disciplina ai più giovani, e poi a Macao, in Cina, per intraprendere lo studio della teologia, Sebastiano Kimura torna in Giappone dove viene ordinato primo sacerdote della nazione. Solo qualche tempo più tardi infuria il secondo feroce periodo di persecuzioni. Abilissimo sofista, Sebastiano riuscì a camuffarsi per anni, così da eludere le guardie e le spie, in modo da riuscire a penetrare nei posti più rischiosi e confortare tutti quelli che saranno i futuri martiri. Nonostante le ammonizioni dei superiori, che lo esortarono a lasciare al più presto le province giapponesi, padre Kimura seguì il proprio cuore, continuando l’opera di carità. Venne tradito il 30 giugno 1961 da una schiava che operava in una casa in cui era rifugiato. Arrestato e portato nel carcere di Suzuta insieme a tutti i suoi catechisti e seguaci, passerà lì 4 anni.
Le condizioni della prigione erano a dir poco terribili: gelo, nessun tipo di igiene, torture e pochissimo cibo. Dopo un lungo periodo di agonia, solitudine e miseria, passato tra preghiere e colloqui spirituali, i prigionieri furono finalmente trasferiti a Nagasaki, dove tutto era già pronto per il martirio. Il 10 settembre 1623, Sebastiano Kimura, primo sacerdote del Giappone, fu tra i martiri che arsero vivi sulla collina antistante Nagasaki, dinnanzi a un’immensa folla, distesa sulla valle adiacente e sulle barche in mare. Sebastiano riuscì a diffondere la parola di Cristo lì dove non esiste terra fertile per essa e per questo, il 10 settembre, si celebra la sacra ricorrenza in sua memoria.